История разворачивается в середине 21 века, времени, когда проблема глобального потепления достигает своего апогея. Сильнейшее землетрясение разрушает большую часть Японии, вследствие чего Токио в буквальном смысле становится «городскими джунглями» и главным поставщиком дефицитного кислорода на мировой рынок. В этих условиях городская башня «Атлас» становится домом для испуганных богачей и привилегированных граждан...

Город Отомо — место, где свобода и справедливость полностью атрофировались, власти плетут тайные заговоры, а ночами по городу разгуливает персонифицированная смерть — человек в маске черепа, который вершит своё правосудие... Для расследования серии странных убийств в Отомо приезжают токийский журналист Хаято Микогами и девушка-фотограф Кирико Мамия. Но чтобы решить загадку Человека-черепа, им придётся стать...