Выросшие в одном сиротском приюте, Фука и Ринне когда-то были близкими друзьями, но их пути разошлись после ссоры, которая закончилась сокрушительным поражением Фуки, нанесённым ей боевым мастерством Ринне. Покинув сиротский приют, Фука живёт в нищете. Случайная встреча с признанным мастером боевых искусств Айнхард Стратос раскрывает её скрытый боевой потенциал. Айнхард предлагает Фуке работу и наставничество,...

Со времен событий по «делу Скальетти» прошло четыре года. С тех пор многое в жизни героев изменилось кардинальным образом: шестой мобильный отряд был распущен, но его бойцы по-прежнему служат в Бюро Пространства и Времени. Только капитан Наноха Такамати покинула свой пост, чтобы больше времени уделять приемной дочери Вивио, которой в будущем суждено стать величайшей волшебницей. Вместе со своей лучшей подругой Фейт...

События сериала разворачиваются спустя десять лет после событий, показанных в аниме «Лиричная волшебница Наноха: Ас». Фейт, Хаятэ и прочие из той самой команды теперь работают на постоянной основе в «Бюро пространства и времени». Наноха — боевой инструктор, Фейт занимается специальными расследованиями, а Хаятэ стала офицером управления. И вот снова они должны объединиться, чтобы защитить свой родной мир, а также...