Новая история во вселенной аниме и манги «Югио!». Дуэльная академия является одной из самых престижных академий для дуэлянтов во всём мире. История разворачивается вокруг Дзюдая Юки, решившего стать учеником академии. Пройдя вступительный экзамен, он попадает в «Красный Осирис», одно из трёх общежитий, где знакомится с Сё Маруфудзи и встречает своего будущего главного соперника из «Синего Обелиска» Дзюна Мандзёмэ....

Археологам довелось обнаружить ранее неизведанную гробницу одного из египетских богов, Анубиса, который после этого воскрес из многовекового сна, чтобы одолеть Фараона. Тем временем закончился Баттл-Сити — турнир, устроенный Сэто Кайбой, чтобы заполучить карты трёх всесильных богов, и теперь Юги, одержавший победу в турнире, стал известен во всём мире. Также Сэто узнаёт, что у Пегаса есть карта, способная одолеть...

«Дуэльные монстры» — карточная игра, аналог «Игры теней» в Древнем Египте, 3000 лет назад. Школьник Юги Муто сумел собрать «Головоломку тысячелетия» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка Сугороку Муто. Собрав его, Юги обретает второе «я» — душу египетского фараона, заточённую три тысячи лет назад. Теперь мальчик делит своё тело с душой фараона, который ничего не помнит о своём...

Обычный паренёк по имени Сёго Аояма имеет в своём распоряжении довольно необычную карту — «Красноглазый чёрный дракон». Однако Сёго лишь хвастается карточкой, ведь в дуэлях он не участвует. К нему на помощь приходят Юги и Кацуя. Их цель — научить этого парня играть в «Дуэльных монстров»!...

Юги Муто — отчасти хрупкий молодой мальчик, который, оказывается, большой поклонник игр любого рода. Но когда он решает древнюю египетскую головоломку, Юги получает все силы тьмы. Теперь, столкнувшись с опасностью и несправедливостью, он превращает эту силу в гораздо более тёмную и опасную форму и приступает к сражению за справедливость и наказание....