Спустя два года после событий первого сезона Дэн и его друзья наслаждаются тихой и спокойной жизнью. Внезапно перед Дэном открывается портал, из которого прибывает Драго. Драго просит своего напарника помочь ему спасти Новую Вестрою от захвативших его родину вестов. Прибыв на Новую Вестрою, Дэн и последовавший за ним Маручо встречают бойцов Фронта Освобождения Бакуган: бойца Сабтерры Миру, бойца Даркуса Эйса и бойца...

Однажды с неба на землю посыпались карты, которые достались детям по всему миру. В этих картах находились монстры разных стихий и способностей. Вскоре шестеро главных героев придумали игру под названием «Бакуган», а потом дополнили её правилами. Вдобавок они назвали свою команду «Отчаянные бойцы бакуган». В один прекрасный день, когда все были поглощены игрой, в неё вступил неизвестный игрок Маска и при помощи...

Однажды, паренёк по имени Чейз вместе со своими друзьями отправился на поиски отца — Джереди Суно. Вскоре ребята наткнулись на заброшенную лабораторию отца Чейза, в которой царил хаос... Однако среди всех вещей выделялась одна синяя капсула, которую Джереди назвал Монсуно. Вдруг, откуда ни возьмись, появилась организация «Ш.Т.У.Р.М.», которая выразила своё желание завладеть этим Монсуно и «вежливо» попросила отдать...