После предательства Синдиката Хэй оказывается в бегах, и судьба заносит его во Владивосток, где пересекаются интересы ФСБ, ЦРУ и MI6. Объектом всеобщего внимания является профессор Павличенко и его сын, контрактор Сион, имеющий сестру-близнеца Суо. Проводя исследования о природе контракторов, Павличенко привлёк внимание многих спецслужб, и наступает момент, когда несколько организаций одновременно принимают решение...

Кэнъити Сирахама столкнулся с настоящими трудностями, будучи обыкновенным школьным учеником. Сейчас у него практически нет друзей, и он мечтает об отношениях с симпатичной девушкой, которая просто не отвечает взаимностью. Во всех драках он становится проигравшим, и совершенно не владеет навыками ведения боя. Одноклассники всегда найдут возможность подшутить над ним или разыграть, поэтому парень стал искать спасение...

После событий первого сезона прошло полгода. Друага повержен, монстры Башни исчезли и период мира и процветания снизошёл на людей. Джил и Фатина, пережившие крушение Башни, пытаются жить дальше, по-прежнему пытаясь понять причины предательства Нибы и Каи. Но всё меняется, когда они спасают загадочную девушку от группы солдатов. Её зовут Кай, и она, возможно, является ключом к великой тайне, спрятанной за Башней....