Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою Евангелиона-05 Мари Илластриэс Макинами и пилот Евы-02, а позже Евы-03 Аска Лэнгли Сикинами. В то же время Гэндо Икари и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей с Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса....
...
Искусная воительница Дюна Ньют и уникальный в своём роде, приспособившийся к высокотехнологичному кибернетическому телу, Бриарей [ブリアレオス] всегда были напарниками на работе и любовниками по жизни. Как сотрудники специального подразделения S.W.A.T. — элитных сил Олимпа, они берутся за дело каждый раз, как только появляется проблема. Во время одного из заданий Бриарей получает травму и вынужден отлёживаться в больнице...
Выросший в хаосе всемирной войны, город Утопия населён людьми и биороидами, которые поддерживают баланс, помогая человечеству избегать чрезмерной агрессии и конфликтов. Но даже в таком идеальном социуме намечается серьезная брешь: в этом обществе появляется человек, переживший войну, Дюна Ньют — она несёт в себе наследие, которое окажет решающее значение для будущего обоих видов....
Прошло много лет после событий первого фильма. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу. Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого. Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи......
К 2029 году границы реального мира практически размываются развитием интернета и кибернетики, но из-за этого человек становится уязвимым к хакерским атакам. Разыскиваемый хакер, известный как «Кукловод», начинает использовать эту уязвимость в политических целях. Девятому отделу, группе кибернитически усовершенствованных полицейских, поручено найти и остановить Кукловода. Однако по мере расследования начинают...
...
Во время летних каникул Сидзуку Цукисима, ученица средних классов, случайно замечает кота, в одиночку едущего на поезде. Заинтересованная, она решает проследить за ним. Эта неожиданная встреча приводит её к загадочному Сэйдзи, юноше, которому предначертано следовать за своими мечтами, и к Барону, магической статуэтке кота, помогающей Сидзуку слышать шёпот собственного сердца. И вскоре захватывающие приключения...