Человечество, будучи поставленным перед угрозой уничтожения от рук инопланетных пришельцев — Зентреди, высылает флоты колонизационных кораблей в космос с целью реализовать миссию по обеспечению собственного будущего. В одном из таких флотов под названием «Макрос Фронтир» жизнь старшеклассника Саотомэ Альто навсегда меняется, когда флот неожиданно атакуют неизвестные существа, как раз в то время, когда он проводит...