В 2050 году загадочная инопланетная раса, известная как инбиты, захватила Землю. Остатки населения нашли приют на Луне и Марсе, колонизированных ещё до появления инбитов. Однако человечество не оставляет попыток вернуть себе родную планету и совершает одну атаку за другой, но добраться до поверхности удаётся единицам. Стик Бернард, офицер из 21-й тяжёлой дивизии, — единственный, кто смог добраться из вторых...

Спустя два года после событий первого сезона Дэн и его друзья наслаждаются тихой и спокойной жизнью. Внезапно перед Дэном открывается портал, из которого прибывает Драго. Драго просит своего напарника помочь ему спасти Новую Вестрою от захвативших его родину вестов. Прибыв на Новую Вестрою, Дэн и последовавший за ним Маручо встречают бойцов Фронта Освобождения Бакуган: бойца Сабтерры Миру, бойца Даркуса Эйса и бойца...

Однажды с неба на землю посыпались карты, которые достались детям по всему миру. В этих картах находились монстры разных стихий и способностей. Вскоре шестеро главных героев придумали игру под названием «Бакуган», а потом дополнили её правилами. Вдобавок они назвали свою команду «Отчаянные бойцы бакуган». В один прекрасный день, когда все были поглощены игрой, в неё вступил неизвестный игрок Маска и при помощи...