События сериала разворачиваются спустя десять лет после событий, показанных в аниме «Лиричная волшебница Наноха: Ас». Фейт, Хаятэ и прочие из той самой команды теперь работают на постоянной основе в «Бюро пространства и времени». Наноха — боевой инструктор, Фейт занимается специальными расследованиями, а Хаятэ стала офицером управления. И вот снова они должны объединиться, чтобы защитить свой родной мир, а также...

Изаёй жил, как и все остальные парни его возраста. С утра ему приходилось вставать, завтракать и отправляться в старшую школу, затем возвращаться и делать уроки. Но все это было не то, казалось ему скучным и тяготило Изаёй, ведь он был особенным. За всю свою жизнь он ещё не нашёл никого равного себе. Так и продолжались его будни, пока прямиком из неба ему в руки не упало письмо. На конверте в графе «получатель» было...