Археологам довелось обнаружить ранее неизведанную гробницу одного из египетских богов, Анубиса, который после этого воскрес из многовекового сна, чтобы одолеть Фараона. Тем временем закончился Баттл-Сити — турнир, устроенный Сэто Кайбой, чтобы заполучить карты трёх всесильных богов, и теперь Юги, одержавший победу в турнире, стал известен во всём мире. Также Сэто узнаёт, что у Пегаса есть карта, способная одолеть...
«Дуэльные монстры» — карточная игра, аналог «Игры теней» в Древнем Египте, 3000 лет назад. Школьник Юги Муто сумел собрать «Головоломку тысячелетия» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка Сугороку Муто. Собрав его, Юги обретает второе «я» — душу египетского фараона, заточённую три тысячи лет назад. Теперь мальчик делит своё тело с душой фараона, который ничего не помнит о своём...
Обычный паренёк по имени Сёго Аояма имеет в своём распоряжении довольно необычную карту — «Красноглазый чёрный дракон». Однако Сёго лишь хвастается карточкой, ведь в дуэлях он не участвует. К нему на помощь приходят Юги и Кацуя. Их цель — научить этого парня играть в «Дуэльных монстров»!...
Юги Муто — отчасти хрупкий молодой мальчик, который, оказывается, большой поклонник игр любого рода. Но когда он решает древнюю египетскую головоломку, Юги получает все силы тьмы. Теперь, столкнувшись с опасностью и несправедливостью, он превращает эту силу в гораздо более тёмную и опасную форму и приступает к сражению за справедливость и наказание....
События сериала развиваются в ближайшем будущем. На дворе 2045 год. Во всю развиваются компьютерные технологии. Главный герой сериала — скромный книголюб Хару. Он всю жизнь находился на втором плане, ведь его лучший друг Юдзин был всегда весёлым и энергичным парнем. Хару часто чувствовал себя лишним в их компании и из-за этого так и не признался в любви девушке, к которой уже давно испытывал чувства. Но однажды всё...
Прошло три года после событий, развернувшихся «Приключениях Дигимонов 02». Главные герои сталкиваются с различными подростковыми проблемами — в дружбе, любви и учёбе. Они уже не так близки, как были раньше, и медленно отдаляются друг от друга. В один день, когда у Таити должен был состояться футбольный матч, а у Ямато — концерт с его группой, в Японию из Америки прилетела в гости Мими. В это же время в наш мир...
В мире наступил покой. Прошло немало времени с тех пор, как «Единые сердцем» победили Багурамона. Однако всё так просто не заканчивается... Тагиру, одноклассник Ю, так же, как и он, играет в баскетбол. Тагиру пытается всячески походить на Тайки и думает только лишь о том, как бы его превзойти — он же с ним в одной команде. После очередного матча Тагиру отправляется на прогулку, во время которой замечает следящую за...
После того, как Тайки и его друзей выбросило обратно в Реальный мир, мальчик, после победы над Тактимоном, смог-таки вернуться в Цифровой мир, где уже прошло около месяца. За это время в Цифровом мире воцарился хаос. Багурамон, виновник всего происходящего, благодаря полученной Кодовой Короне разделил мир на несколько царств, где правят сильнейшие дигимоны-генералы. Теперь Тайки, Нэнэ и Кирихе необходимо объединить...