Действия аниме разворачиваются в нескольких временных плоскостях. Всё началось в далёком прошлом, когда возводилась великая Вавилонская стена. Человеческая цивилизация лишь делала первые шаги. Ни о каком техническом прогрессе в те годы не могло идти и речи. Так что простые смертные даже не догадывались о существовании внеземных цивилизаций. Где-то в далёкой галактике обитают высшие формы жизни, внешне не отличимые...
Арата Мияко недавно получил назначение в районный отдел регионального полуночного департамента по связям. В каждом из 23 районов Токио есть отдел занимающийся делами, связанными с паранормальной активностью и оккультными практиками. У Арата есть особый дар — он может понимать нечеловеческую речь. В первый же свой рабочий день Арата сталкивается в парке с ёкаем, который принимает его за легендарного экзорциста эпохи...
...
Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака, Клауда, Тифы и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.»....
Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма и три загадочных человека, которые, по-видимому, разыскивают Дженову. Клауд и его друзья из оригинальной игры должны объединить свои силы еще раз, чтобы противостоять новой опасности....
...
Феодальная Япония. Время опасности, интриг и лжи. Дзюбэй — ниндзя без хозяина, в одиночку путешествующий по миру. Он продаёт свои услуги тем, у кого есть деньги... или иная стоящая причина. Его устрашающие способности неплохо ему послужили, но коварный заговор по свержению правительства может положить конец странствиям Дзюбэя, а, возможно, даже и его жизни. Когда небольшая деревня становится жертвой ужасной...
Прославиться в столице — это мечта любого деревенского парня. Главный герой, Тацуми, не стал исключением. Решив, что хочет спасти свою деревню, он отправляется в столицу вместе со своими друзьями, ведь именно там легче всего заработать деньги — вернее, он так считал. В первый же день в столице его обводят вокруг пальца, оставив без денег. Казалось бы, теперь всё потеряно... Ни денег, ни работы, абсолютно ничего....